ساختار سازمان عبارت است از:

1 ـ ستاد مرکزی سازمان کـه در تهران مستقر است.

2 ـ مرکز تربیت مربی فنی و حرفه ای

3 ـ ادارات کل آموزش فنی و حرفه ای استان ها

4 ـ مراکز آموزش فنی و حرفه ای

5 ـ مراکز سنجش مهارت و تعیین صلاحیت حرفه ای

تبصره ـ سازمان مجاز است مراکز آموزش و سنجش مهارت خیّرساز را با رعایت موازین شرعی و مقتضای وقف، وصیت یا عناوین مشابه آن و همچنین مراکز دولتی را بر اساس شاخصهای آموزش فنی و حرفه ای، نیروی انسانی، فضا و تجهیزات و اداری و مالی رتبه بندی و بـه صورت هیأت امنائی اداره و بر آنها نظارت نماید. اعضای هیأت امنا کـه توسط رئیس سازمان، تعیین و منصوب می شوند عبارتند از:

1 ـ رئیس مرکز

2 ـ یک نفر از مربیان مرکز

3 ـ یک نفر از اتاق بازرگانی شهرستان ذی ربط

4 ـ یک نفر از اتاق اصناف شهرستان ذی ربط

5 ـ یک نفر خبره آموزش های فنی و حرفه ای

6 ـ دو نفر از خیّرین (در مراکز خیّرساز)

تدوین و تصویب برنامه و بودجه سالانه، نظارت بر هزینه کردها و تصویب صورتهای مالی، تعیین حسابرس و خزانه دار و جذب و قبول کمک اشخاص حقیقی و حقوقی در چهارچوب قوانین و مقررات از وظایف هیات امناء می باشد. تصمیمات هیات امناء بعد از تأیید مدیرکل آموزش فنی و حرفه ای استان ذی ربط، لازم الاجراست.