وظایف و اختیارات گمرک ایران به شرح ذیل است:

الف ـ اعمال سیاست های دولت در زمینه صادرات و واردات و عبور کالا

ب ـ تشخیص و وصول حقوق ورودی و سایر وجوه قابل وصول قانونی توسط گمرک ایران

پ ـ انجام تشریفات قانونی ترخیص و تحویل کالا به صاحب یا نماینده قانونی وی و بررسی اسناد ترخیص به منظور احراز صحت شرایط ترخیص و وصول کسر دریافتی یا استرداد اضافه دریافتی

ت ـ کنترل و نظارت بر امر عبور کالا از قلمرو کشور

ث ـ اجرای قوانین و مقررات مرتبط با بازارچه های مرزی، مرزنشینان و پیله وران

ج ـ اعمال مقررات گمرکی درباره معافیت ها و ممنوعیت ها در بخش های صادرات قطعی، صادرات موقت، واردات قطعی، واردات موقت، کران بری (کابوتاژ)، عبور داخلی کالا، انتقالی، معاملات پایاپای مرزی، فروشگاه های آزاد، بسته ها و پیک های سیاسی و پست بین الملل

چ ـ اجرای قوانین و مقررات مربوط به تخلفات و قاچاق گمرکی، کالا های متروکه و ضبطی

ح ـ پیش بینی و فراهم نمودن زیرساخت های مورد نیاز برای اجرا و استقرار سامانه ها، رویه ها و روش های نوین همچون پنجره واحد در فعالیت های گمرکی

خ ـ جمع آوری، تجزیه و تحلیل و انتشار آمار میزان واردات و صادرات کالا

د ـ بررسی و شناخت موانع نظام گمرکی و برنامه ریزی در جهت رفع آنها

ذ ـ اظهار نظر درباره پیش نویس طرحها، لوایح، تصویب نامه های مرتبط با امور گمرکی

ر ـ اتخاذ روش های مناسب جهت هدایت و راهبری دعاوی حقوقی و قضایی در رابطه با امور گمرکی

ز ـ آموزش کارکنان و نظارت و انجام بازرسی اعمال و رفتار کارکنان گمرک، کشف تخلف و تقصیرات اداری آنان

ژ ـ بازرسی از واحدهای اجرایی گمرکی و نظارت بر عملکرد آنها و ساماندهی کمی و کیفی مبادی ورودی و خروجی

س ـ رسیدگی و حل اختلافات ناشی از اجرای قانون و مقررات گمرکی فی ما بین گمرک و صاحب کالا برابر قوانین و مقررات مربوطه

ش ـ گسترش ارتباطات بین المللی، انعقاد تفاهم نامه و موافقت نامه های گمرکی دو یا چند جانبه، عضویت و تعامل فعال با سازمان های بین المللی و گمرکی با رعایت اصل هفتاد و هفتم قانون اساسی و قوانین مربوطه

ص ـ رعایت توصیه های سازمان جهانی گمرک، قراردادهای بازرگانی و توافقنامه های منعقده یا پایاپای در چهارچوب قوانین و مقررات مربوطه

ض ـ رعایت مفاد قانون اجرای سیاست های کلی اصل چهل و چهارم 44 قانون اساسی به منظور واگذاری امور غیر حاکمیتی گمرکی به بخش های خصوصی و تعاونی

ط ـ استفاده از فناوری های نوین و تجهیز اماکن گمرکی به ابزارهای پیشرفته جهت افزایش کارایی و بهبود انجام تشریفات گمرکی

ظ ـ تمهیدات لازم برای تسهیل امور تجاری، تشویق صادرات و گسترش عبور کالا

ع ـ تسهیل فرآیندهای گمرکی با هدف توسعه گردشگری

غ ـ انجام سایر وظایف گمرکی به موجب این قانون و یا سایر قوانین و مقررات