مرجع رسیدگی به اختلافات گمرکی در تشخیص تعرفه، ارزش کالا، جریمه ها به غیر از موارد قاچاق گمرکی، قوه قهریه (فورس ماژور) و مقررات گمرکی، کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی است. این کمیسیون مرکب از اشخاص ذیل است:

الف ـ چهار نفر عضو اصلی از کارمندان گمرک ایران

ب ـ دو نفر عضو اصلی از کارمندان وزارت صنعت، معدن و تجارت

پ ـ یک نفر عضو اصلی از کارمندان وزارت امور اقتصادی و دارایی

ت ـ یک نفر عضو اصلی به عنوان نماینده اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران

ث ـ یک نفر عضو اصلی به عنوان نماینده اتاق تعاون

تبصره 1 ـ اعضا کمیسیون، از میان افراد مطلع به امور گمرکی توسط دستگاه های مزبور انتخاب می شوند.

تبصره 2 ـ اعضا کمیسیون هم طراز مدیرکل تلقی می شوند و باید حداقل دارای پانزده سال سابقه کاری مرتبط باشند و توسط رییس گمرک ایران، وزرا مربوطه و روسا اتاق های مذکور انتخاب شوند.

تبصره 3 ـ به همراه هر یک از اعضا اصلی یک نفر نیز به عنوان عضو علی البدل معرفی می شود.

تبصره 4 ـ اصلاح 1404/05/12 ـ رای کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی لازم الاجرا است مگر در مواردی که مبلغ مابه التفاوت بین نظر گمرک و مورد قبول مؤدی و یا ارزش گمرکی کالایی که اختلاف در خصوص شرایط ورود و صدور آن است، بیش از 820.616.000 ریال باشد که در این صورت مؤدی می تواند ظرف بیست روز از تاریخ ابلاغ رای تقاضای ارجاع امر به کمیسیون تجدیدنظر را بنماید.

تبصره 5 ـ اختلافات اشخاص با گمرک ها به درخواست مؤدی ابتدا در واحدهای ستادی گمرک ایران مورد اظهارنظر قرار می گیرد و در صورتی که مؤدی به اعتراض خود باقی باشد پرونده از طرف رییس کل گمرک ایران و یا شخصی که به حکم وی به طور کتبی تعیین می گردد به کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی احاله می شود. برای طرح اختلاف در کمیسیون مذکور صاحب کالا باید معادل نیم درصد (0/5%) مبلغ مورد اختلاف را به عنوان حق رسیدگی به صورت سپرده پرداخت نماید.

در صورتی که رای صادره به وسیله کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی در تایید نظریه گمرک باشد مبلغ مذکور به درآمد قطعی منظور می گردد لکن در صورتی که رای به نفع صاحب کالا باشد یا اینکه با درخواست صاحب کالا اختلاف به کمیسیون تجدیدنظر احاله شود و رای کمیسیون فوق به نفع صاحب کالا باشد، مبلغ سپرده مسترد می گردد.

اختلافات مربوط به قاچاق گمرکی در مراجع صالحه رسیدگی می شود.

تبصره 6 ـ کمیسیون در مورد استعلام تعرفه و اظهارنظر در مورد طرح ها و گزارش هایی که از طرف رییس کل گمرک ارجاع می شود نظر مشورتی می دهد. در مواردی که در اجرای ماده 43 این قانون تعیین تعرفه شود برای گمرک لازم الاجرا است.

تبصره 7 ـ در مواردی که در حین رسیدگی به پرونده ها، کمیسیون با مواردی غیر از موضوع اختلاف مواجه گردد، مراتب به رییس کل گمرک ایران منعکس می شود.

تبصره 8 ـ جلسات کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی حداقل با حضور شش نفر از اعضا رسمیت می یابد و مصوبات آن با رای اکثریت کل اعضا (حداقل پنج نفر) معتبر است.

تبصره 9 ـ دلایل، توجیهات و مستندات رای باید در متن آن تصریح گردیده و نظرات اقلیت در آن ذکر گردد.