فرایند کلی ثبت معاملات و محاسبه مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مؤدیان بـه صورت زیر است: الف ـ صورت حساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه مؤدیان صادر می شود. در مورد مؤدیانی کـه مستقیماً با مصرف کننده نهایی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورت حساب الکترونیکی، توسط پایانه فروشگاهی انجام می شود. ب ـ در صورتی کـه خریدار، مصرف کننده نهایی نبوده و خود عضو سامانه مؤدیان باشد، صورت حساب الکترونیکی صادر شده توسط فروشنده، بـه صورت خودکار بـه کارپوشه وی در سامانه مؤدیان منتقل می شود و بـه عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می شود. تبصره ـ مؤدیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورت حساب الکترونیکی در کارپوشه مؤدیان نسبت بـه اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورت حساب ها اقدام کنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور بـه منزله تأیید صورت حساب مربوط می باشد. پ ـ در پایان هر دوره سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مؤدی کـه عبارت است از ما بـه التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می شود. در صورتی کـه مالیات فروش مؤدی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، مؤدی موظف است ما بـه التفاوت را بـه ترتیبی کـه سازمان مقرر می کند، بـه حساب سازمان واریز کند. متقابلاً در صورتی کـه مالیات فروش مؤدی کمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه ما بـه التفاوت را بـه مؤدی مسترد کند. ت ـ اصلاح بموجب قانون مالیات بر سفته بازی سوداگری 1404/04/08 ـ پس از اتمام مواعید مقرر در ماده 3 این قانون، ماموران مالیاتی جز در مواردی کـه در این قانون اجازه داده شده، نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده مؤدیان مول دخالت کنند. ث ـ بـه منظور تکمیل اطلاعات سازمان در خصوص مؤدیانی کـه عضو سامانه مؤدیان نبوده یا بدون صدور صورت حساب الکترونیکی اقدام بـه فروش می کنند، سامانه مؤدیان باید بـه گونه ای طراحی شود کـه مؤدی بتواند خریدهای خود را کـه فروشنده برای آنها صورت حساب الکترونیکی صادر نکرده است، بـه سازمان اطلاع دهد. تبصره 1 ـ الحاق بواسطه قانون تسهیل تکالیف مودیان 1402/08/23 ـ بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران موظف است ظرف دو ماه، مطابق ساختار اعلامی توسط سازمان، بـه رسید پرداخت صادرشده توسط دستگاههای کارتخوان و گزارش الکترونیکی دریافتی از درگاه های الکترونیکی پرداخت، شماره منحصر بـه فرد مالیاتی تخصیص دهد و آن را در رسید یا گزارش پرداخت مذکور درج نماید. همچنین بانک مرکزی موظف است اطلاعات رسید یا گزارش پرداخت هر روز را حداکثر تا پایان روز بعد بـه سامانه مؤدیان منتقل کند. تبصره 2 ـ اصلاح بواسطه قانون تسهیل تکالیف مودیان 1402/08/23 ـ گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است امکان انتقال الکترونیکی و برخط اطلاعات مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده توسط وارد کنندگان را بـه سامانه مؤدیان از طریق مرکز ملی تبادل اطلاعات فراهم کند. تبصره 3 ـ الحاق بواسطه قانون تسهیل تکالیف مودیان 1402/08/23 ـ کلیه دستگاههای اجرائی موضوع ماده (29) قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب 1395/12/14 و ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری و سازمان های وابسته بـه آنها کـه حسب مقررات قانونی متولی رصد و دریافت اطلاعات مربوط بـه جریان کالا و خدمات از مبادی تولید و واردات تا سطح خرده فروشی از طریق سامانه های دولتی از قبیل سامانه جامع تجارت ایران و سامانه ثبت الکترونیکی معاملات نفتی (ثامن) موضوع قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز مصوب 1392/10/03 با اصلاحات و الحاقات بعدی می باشند، موظفند با رعایت الزامات صدور صورتحساب الکترونیکی موضوع این قانون اطلاعات مذکور را بـه ترتیبی کـه سازمان مقرر می کند بـه سامانه مؤدیان منتقل کنند. در این صورت مؤدیان تکلیفی در خصوص ثبت مجدد اطلاعات یا صدور مجدد صورتحساب الکترونیکی معاملات مذکور ندارند.